A importância da Dinâmica Molecular no estudo de biomoléculas

Tudo e mais um pouco do que estudamos em físico-química, química orgânica, química inorgânica, etc. é aplicado aqui, na química teórica, melhor chamada de química computacional. São nesses estudos que são colocados em prática as leis da termodinâmica, os estudos das interações intermoleculares (no vídeo, as interações do tipo ligação de hidrogênio aparecem como linhas pontilhadas) e análise conformacional (exploração das formas espaciais energeticamente favoráveis). Só que, claro, de uma maneira muio mais complexa. O vídeo abaixo ilustra bem isso. Foi realizada uma dinâmica molecular com um peptídeo em duas condições experimentais diferentes. O tempo de simulação você pode achar até extremamente pequeno: 320 nanossegundos. Mas a quantidade de cálculo que o computador faz e o tempo real gasto para realizá-los é considerável. Pra você ter uma idéia, para esse cálculo foi utilizado um computador com 64 processadores.

E o resultado é esse: é possível com o programa de visualização montar um vídeo e ver claramente a estrutura parecendo uma cobrinha. Esses movimentos são justamente os estudos de análise conformacional. Esqueça aqueles pequenos movimentos de forma alternada e eclipsada. Aqui observe que todos os grupos da molécula tendem a ultima otimização da conformação ao mesmo tempo.